FDA發(fā)布傳染病二代測序診斷器械注冊審查指南草案

基因測序領(lǐng)域在備受青睞的同時(shí)，也面臨著獲得上市審批的巨大挑戰(zhàn)。截至到目前，除了一些一類通用試劑和測序設(shè)備外，僅有應(yīng)用于產(chǎn)前篩查的基因二代測序試劑已獲得國家食品藥品監(jiān)督管理總局的批準(zhǔn)，至于應(yīng)用于其他領(lǐng)域的二代測序試劑，有些商家正為此積極準(zhǔn)備，包括產(chǎn)品的注冊檢測和臨床試驗(yàn)等。

 

　　由于此項(xiàng)技術(shù)在世界范圍內(nèi)還沒有被廣泛地應(yīng)用于臨床診斷，因此，在注冊準(zhǔn)備過程中，缺乏必要的信息作為參考。

 

　　FDA發(fā)布傳染病二代測序診斷器械注冊審查指南草案

 

　　2016年5月13日，美國FDA在其官網(wǎng)上發(fā)布《基于二代基因測序的傳染病診斷器械：微生物鑒定及耐藥性和毒力標(biāo)志物的檢測》,并對(duì)外公開征求意見，反饋時(shí)間截至2016年8月11日。

 

　　該指南適用于使用靶向測序或宏基因組測序檢測傳染病病原或耐藥性及毒力標(biāo)志物是否存在的二代基因測序器械，不適用于旨在篩選血液、細(xì)胞或組織的供體的器械。本文提煉了該指南草案中針對(duì)分析性能評(píng)估部分的要求，供大家探討。

 

　　1. 最低檢測限

 

　　該指南草案指出，針對(duì)靶向測序和宏基因組測序兩種情況下最低檢出限的確定方法是完全不同的。對(duì)于宏基因組測序，需要視具體情況來確定評(píng)估方法。對(duì)于靶向測序，最低檢測限的確立通常是采用95%(n≥20)的陽性檢出率作為最低檢測限確定的標(biāo)準(zhǔn)，具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參見 “Highly Multiplexed Microbiological/Medical Countermeasure In VitroNucleic Acid Based Diagnostic Devices” (http://www.fda.gov/downloads/MedicalDevices/DeviceRegulationandGuidance/GuidanceDocuments/UCM327294.pdf)。

 

　　此外，也可以根據(jù)產(chǎn)品設(shè)計(jì)合理的評(píng)估方案，采用概率分析法來建立最低檢測限。具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參見“EP17-A2, Evaluation of Detection Capability for Clinical LaboratoryMeasurement Procedures; Approved Guideline; 2012”。

 

　　2. 靈敏度與特異性

 

　　靈敏度與特異性能夠反映出對(duì)不同來源的樣本，其特異性檢出預(yù)期用途中聲稱的所有序列的能力。通常評(píng)價(jià)所用的樣本來源于預(yù)分析的臨床培養(yǎng)樣本，其濃度應(yīng)位于最低檢測限附近。如臨床培養(yǎng)樣本難以獲得或者管制微生物，可以考慮使用預(yù)抽提DNA或者構(gòu)建序列作為分析樣本。

 

　　3. 干擾物質(zhì)

 

　　建議根據(jù)試劑盒所采用的樣本類型，確定潛在的干擾物質(zhì)。干擾物質(zhì)可能來自內(nèi)源物質(zhì)(如溶血、黃疸及脂血樣本等)或外源物質(zhì)(如處方藥及非處方藥、抗凝劑等)。具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參見CLSI “EP07-A2, Interference Testing in Clinical Chemistry; ApprovedGuideline; 2005”。該指南同時(shí)列出了基于靶向測序和宏基因組測序的產(chǎn)品根據(jù)其預(yù)期用途應(yīng)提交的干擾試驗(yàn)清單。

 

　　4. 精密度(可再現(xiàn)性和重復(fù)性)

 

　　應(yīng)進(jìn)行可再現(xiàn)性評(píng)估，來對(duì)可能影響檢測重復(fù)性的多個(gè)變量進(jìn)行驗(yàn)證。如選擇不同的實(shí)驗(yàn)室，由不同的操作人員使用不同批號(hào)的試劑，在一段時(shí)間內(nèi)對(duì)同一測試樣品測量結(jié)果的精密度評(píng)估。具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參考CLSI “EP12-A2, User Protocol for Evaluationof Qualitative Test Performance; Approved Guideline; 2008”。

 

　　同樣地，對(duì)產(chǎn)品應(yīng)進(jìn)行重復(fù)性評(píng)估，以評(píng)價(jià)在一定的檢測條件下，對(duì)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)進(jìn)行多次重復(fù)檢測后的測量精密度。具體試驗(yàn)設(shè)計(jì)可參考CLSI ” EP12-A2, User Protocol for Evaluation of Qualitative TestPerformance; Approved Guideline; 2008 “。

 

　　5. 檢測系統(tǒng)的攜帶污染和交叉污染

 

　　應(yīng)評(píng)估攜帶污染對(duì)檢測結(jié)果可能帶來的影響，包括對(duì)整個(gè)測試系統(tǒng)的評(píng)估，如核酸的分離純化、文庫制備、陽性樣本(待測靶核酸呈強(qiáng)陽性的濃度)和陰性樣本的交替檢測。產(chǎn)品的標(biāo)簽上應(yīng)標(biāo)示攜帶污染率相關(guān)信息以提示用戶。而且，基于攜帶污染率的高低，有些可能還需要在產(chǎn)品的包裝標(biāo)簽上給出其他額外的信息，比如警告、注意事項(xiàng)和清洗說明，以指導(dǎo)用戶如何降低或消除對(duì)試驗(yàn)結(jié)果帶來的影響。

 

　　6. 穩(wěn)定性

 

　　應(yīng)進(jìn)行產(chǎn)品的效期穩(wěn)定性試驗(yàn)并提供研究方法的確定依據(jù)、具體的實(shí)施方案、詳細(xì)的研究數(shù)據(jù)以及結(jié)論。如適用，應(yīng)提供加速穩(wěn)定性試驗(yàn)方案和研究結(jié)果。應(yīng)對(duì)每項(xiàng)研究給出合理的評(píng)價(jià)指標(biāo)以及確定依據(jù)。

 

　　7. 其它性能試驗(yàn)

 

　　依據(jù)產(chǎn)品的預(yù)期用途、樣本類型和試驗(yàn)設(shè)計(jì)，建議進(jìn)行以下研究：

 

　　1)基質(zhì)等同性研究(如適用);

 

　　2)新鮮樣本和冷凍樣本的比較研究;

 

　　3)樣本穩(wěn)定性研究;

 

　　4)交叉感染研究。